O Acordo Operacional, celebrado entre o Estado Português e a Comissão Europeia (CE), veio estabelecer que a Estrutura de Missão Recuperar Portugal (EMRP), é a entidade nacional que atua como interlocutor da Comissão para a execução global do PRR, sendo designada como responsável, a nível nacional, pela coordenação e acompanhamento da aplicação efetiva das medidas previstas e pela realização dos objetivos estabelecidos no PRR. Essa responsabilidade e competência é confirmada pelo modelo de governação e pela Resolução do Conselho de Ministros que cria a EMRP.
Sendo a entidade responsável pela submissão dos pedidos de pagamento junto da Comissão Europeia, acompanha e analisa o cumprimento dos Marcos e Metas, preparando a submissão do pedido e a respetiva decisão de desembolo.
Para dar uma Meta ou Marco como satisfatoriamente cumprido, a EMRP efetua o trabalho de recolha de evidências junto das entidades públicas responsáveis pela execução dos Investimentos e junto das áreas governativas responsáveis pela execução das Reformas, para posterior discussão quanto ao cumprimento dos mesmos com a equipa da CE que tem responsabilidades de acompanhamento do PRR português na Secretaria-Geral RECOVER e na Direção-Geral dos Assuntos Económicos e Financeiros (DG ECFIN).
Posteriormente, há ainda lugar à elaboração de declaração de gestão, apresentada pela EMRP assegurando e confirmando que os Marcos e Metas foram satisfatoriamente cumpridos.
Essa declaração de gestão é então submetida a parecer da Comissão de Auditoria e Controlo (CAC) do PRR.
Após a receção do parecer da CAC o pedido de pagamento é submetido à Comissão Europeia.
A CE avalia, então, os pedidos de pagamento, tendo em consideração as justificações e evidências apresentadas sobre o cumprimento dos Marcos e Metas associados ao pedido de pagamento.
Após a avaliação positiva por parte da Comissão, o processo de avaliação é enviado ao Comité Económico e Financeiro do Conselho Europeu, para decisão e subsequente pagamento dos respetivos desembolsos.
Este é um trabalho essencial que revela a evolução do PRR, a sua implementação no terreno e que garante os desembolsos dos fundos previstos no PRR.